Gruntowa pompa ciepła po zamontowaniu i zaprogramowaniu automatyki nie wymaga praktycznie żadnej obsługi. Zazwyczaj użytkownicy po pewnym czasie modyfikują jedynie wartość temperatury ciepłej wody w zasobniku lub wewnątrz pomieszczeń.
Pompa ciepła najczęściej współpracuje z wodnym ogrzewaniem podłogowym. Warto więc pamiętać, że nagrzewa się ono wolniej niż tradycyjne grzejniki.
Poza tym nie należy dopuścić do nadmiernej eksploatacji dolnego źródła ciepła, aby nie zużyć całego zgromadzonego w ziemi zapasu energii. A tak się dzieje, gdy np. zostanie uruchomiona instalacja grzewcza z pompą na jesieni, aby wysuszyć wylewki podłogowe, a niekiedy także cały dom. Ponieważ do tego potrzeba dużo energii cieplnej, w środku zimy może okazać się, że spadnie efektywność pompy i wówczas trzeba będzie uruchomić grzałkę elektryczną, przez co wzrosną niepotrzebnie koszty eksploatacji.