Bakterie mogą rozwijać się wszędzie (także w przewodach wentylacyjnych), trzeba więc dbać o utrzymanie ich w czystości. Czyli – na etapie budowy, przed wprowadzeniem do domu – należy zaślepić końce instalacji, żeby w przewodach nie gromadziły się zanieczyszczenia, a później – w trakcie eksploatacji regularnie czyścić instalację, anemostaty i wymieniać filtry. Można też zawczasu pomyśleć o ułożeniu przewodów z powłoką ograniczającą rozwój mikroorganizmów, jednak pamiętajmy, że nie eliminuje ona konieczności czyszczenia instalacji, a jedynie spowalnia rozwój bakterii i grzybów. Nie należy natomiast obawiać się gromadzenia kurzu w pomieszczeniach: nawiewane do pomieszczeń powietrze jest filtrowane, więc kurz i pył zatrzymywane są na filtrach. Ponadto rekuperator wyposażony w filtr wyższej klasy usunie z powietrza bakterie, wirusy, zarodki pleśni i grzybów oraz zanieczyszczenia smogowe. Zapewni więc najwyższy stopień oczyszczania powietrza nawiewanego do budynku.